Obwohl die Stadt San Giovanni Rotondo und ihres Heiligtum sehr tiefe Wurzeln haben, sind sie unweigerlich mit der Anwesenheit und dem Wirken des Heiligen Pio von Pietralcina, den meisten als Pater Pio bekannt, verbunden. Das riesige neue Heiligtum wurde am 1. Juli 2004 vor mehr als dreißigtausend Menschen eingeweiht. Das neue Heiligtum, das der renommierte italienische Architekt Renzo Piano im zeitgenössischen Stil entworfen hat, ist mit einer Fläche von 6000 m² eine der größten Kirchen Italiens (die mit einer großen Sicherheitsmarge 7000 Menschen fassen kann). Sie ist mit wunderschönen Mosaiken verziert und beherbergt auch eine riesige Orgel mit 5.814 Pfeifen.